Honda Civic'in en çok sorunlu motorları arasında 2001-2002 ve 2006-2007 modelleri öne çıkmaktadır. Bu dönemlerde üretilen Honda Civic'lerde sıkça karşılaşılan motor sorunları şunlardır: - Şanzıman arızaları: Sürüş sırasında inleme veya sızlanma sesleri, şanzımanın sorunlu olabileceğini gösterir. - Motor bloğu çatlakları: Kaputun altından gelen duman, antifrizin yağa karışması ve motorun aşırı ısınması gibi belirtiler bu soruna işaret eder. Ayrıca, 2016 model Honda Civic'lerde de motor sorunları rapor edilmiştir, özellikle turbo motorlarda aşırı ısınma ve su kaçağı gibi problemler yaşanmıştır.