HGS geçiş ihlali cezası, 15 gün içinde ödenirse indirim uygulanır. 15 - 45 gün arasında ödeme yapılırsa, geçiş ücreti ile birlikte bir kat ceza tahsil edilir. 45 günü aşan durumlarda ise geçiş ücreti dört kat ceza olarak ödenir. HGS geçiş ihlali cezalarını, Karayolları Genel Müdürlüğünün "İhlalli Geçiş Sorgulama ve Ödeme" sayfası, e-Devlet veya PTT şubeleri üzerinden kredi kartı ile ödemek mümkündür.