H3 otobüsü, Sirkeci'den başlayarak aşağıdaki duraklardan geçmektedir:

Ayrıca, H3 hattının güzergahı şu şekilde de belirtilmiştir:

Gidiş yönü: Gümrük - Halkalı İstasyon - Gültepe Mahallesi - Göl Konutları - Bezirganbahçe TOKİ - TOKİ Konutları - İstasyon Mah. Muh. - Sakarya Sokak - Mehmet Akif Ersoy Hastanesi - Avrupa Konutları 3 - Halkalı Polis Merkezi - Halkalı Park - Koca Ali Sokak - GüneşPark Evleri - Halkalı Yolu - İkitelli Caddesi - Atatürk Mahallesi - İkitelli Garajı - İMSAN Sanayi Sitesi - MASKO 2 - MASKO 1 - Demirciler Sitesi 34.

Dönüş yönü: İstanbul Havalimanı - Demirciler Sitesi - MASKO 1 - MASKO 2 - MASKO 3 - TEM YOLU - İMSAN Sanayi Sitesi - İkitelli Garajı - Atatürk Mahallesi - İkitelli Caddesi - Halkalı Yolu - GüneşPark Evleri - Koca Ali Sokak - Halkalı Polis Merkezi - Avrupa Konutları 3 - Mehmet Akif Ersoy Hastanesi - Şehit Münir Alkan - Yenidoğan - Yenidoğan - Şehit Münir Alkan - İstasyon Mah. Muh. - TOKİ Konutları - Bezirganbahçe TOKİ - Göl Konutları - Gültepe Mahallesi - Halkalı İstasyon - Gümrük 3.