Güvenli Ödeme Sistemi masrafını genellikle alıcı öder. Bu masraf, Türkiye Noterler Birliği tarafından belirlenen ve her bir işlem karşılığında satıcıdan mahsup edilen bir ücrettir. 2024 yılı için bu ücret 105 TL olup, bu miktarın yarısı Türkiye Noterler Birliği'ne, diğer yarısı ise sistemin kullanıldığı bankaya gider. Ancak, işlem iptali veya başka bir durumda para iadesi yapılması durumunda, masrafların kim tarafından ödeneceği ilgili Aracı Kuruluşun çağrı merkezi ile görüşülerek öğrenilmelidir.