Gölcük Donanma Komutanlığı'nda aşağıdaki birlikler bulunmaktadır: 1. Harp Filosu Komutanlığı. 2. Denizaltı Filosu Komutanlığı. 3. Mayın Filosu Komutanlığı. 4. Deniz Hava Komutanlığı. 5. Lojistik Destek Gemileri Komodorluğu. 6. Yıldızlar Suüstü Eğitim Merkezi Komutanlığı. Ayrıca, Gölcük Tersanesi Komutanlığı ve Envanter Kontrol Merkezi Komutanlığı gibi diğer önemli birimler de bu komutanlığa bağlıdır.