Audi A6 için en iyi motor seçeneği, kullanım amacına ve önceliklere göre değişiklik gösterebilir: Günlük kullanım için: Yakıt verimliliği ve şehir içi sürüş için 2.0L Turbocharged I4 motor önerilir. Dengeli performans için: Güç ve verimlilik dengesi nedeniyle 3.0L V6 motor tercih edilir. Performans tutkunları için: 4.0L V8 motor, yüksek performans sunar ancak bakım maliyetleri daha yüksek olabilir. Ayrıca, 3.0L TDI V6 motor da uzun yolculuklar için önerilir; yüksek yakıt ekonomisi ve torku ile otoyolda sürüş için uygundur. Motor seçimi yaparken, aracın ikinci el piyasa değeri de dikkate alınabilir; 3.0L V6 motor, yüksek talep nedeniyle daha yüksek bir yeniden satış değerine sahiptir.