Audi A6'da en iyi motor seçeneği, kullanım amacına ve önceliklere göre değişebilir. Bazı motor seçeneklerinin öne çıkan özellikleri: 2.0L turbocharged dört silindirli motor. 3.0L supercharged V6 motor. 4.0L twin-turbo V8 motor. 3.0L TDI V6 dizel motor.