Zincirlikuyu'nun hikayesi, ismini veren zincirli kuyu ile ilişkilidir 12.

Semtin yakınında, günümüzde askeri lojmanların hemen arkasında yer alan ve artık var olmayan bir kuyu bulunmaktadır 12. Bu kuyunun çıkrığı zincirden yapılmıştı ve uzun yıllar boyunca insanlar bu kuyudan su çekmek için bu çıkrığı kullanıyordu 12. Bu nedenle, o bölgede yaşayan insanlar yerleşim yerine "Zincirlikuyu" adını vermişlerdir 12.

Ayrıca, Zincirlikuyu'nun bulunduğu alan, 1870 yılında Osmanlı Sultanı Abdülaziz'in oğlu Yusuf İzzeddin Efendi için yaptırılan yazlık bir av köşkünün bahçesiydi 45. 1917 yılında Yusuf İzzeddin Efendi'nin köşkte intihar etmesi veya öldürülmesinin ardından, semtin uğursuz olduğuna inanılmaya başlandı 45. Bu nedenle, bölgeye pek rağbet edilmedi ve daha sonra şehir mezarlığı olarak kullanılmaya başlandı 45.