"Yuragi-sou no Yuuna-san", Fuyuzora Kogarashi adlı ana karakterin hikayesini anlatır 13. Kogarashi, doğaüstü şeyleri görme yeteneğine sahip bir psişiktir ve bir zamanlar ruhlar tarafından ele geçirilmiştir 13.

Olaylar, artık hayaletli olduğu için çok ucuz olan Yuragi Oteli'nde geçer 13. Otelde, Kogarashi'nin odasında kalan 16 yaşındaki Yuuna adında bir hayalet kız da yaşamaktadır 13. Kogarashi, Yuuna'ya yardımcı olup kötü ruha dönüşmeden önce öteki tarafa geçmesini sağlamak ister 1.

Bu süreçte, otelin diğer sakinlerinin de kendilerine has saklı özel güçleri olduğu ortaya çıkar ve Kogarashi'nin hayatı normalin dışına çıkar 3.