"Yağmur Yağar Taş Üstüne" türküsünün hikayesi, anonim bir halk türküsü olarak kabul edilir ve çeşitli kaynaklarda farklı hikayelerle karşılaşılabilir. Bir hikayeye göre, türkünün hikayesi şu şekildedir: Zamanın birinde, Ölüler Irmağı’nın öte yakasına kadar ermiş bir dedeye, "Halleri nice idi?" diye sorulur. Dede, "Bilmem. Irmağın içinde sürüklenmekten gözüm hiçbir şey görmedi" der. Bir çocuk, dedeye "Peki, suyu anlat o zaman" diye sorar. Dede, "Yaşımdan, görümden, bilgimden erinmedim, sordum" der. "Her şey tek bir ‘Ol’ ile başladı, ‘Ol !’ dedin Sen, oldum ben. Birazdan ‘Öl!’ diyeceksin Sen, öleceğim ben. Böylesi bir Aşk ile tutkunken Sana, Sana rağmen, Senin kulunu nasıl sevebilirim ben?" diye sorar. "Su duydu beni, içlenmiş olsa ki, dilsizliğine bir ara verdi" der dede. "Sen sevmedin, zihin dediğin su, onun gönül dediği suyuna; suyun onun suyuna, su çekti" der. "Sonra..?" diye sorar çocuk. "Hiç" der dede, "yağmur yağdı". "Bundandır; aşıkken acımaz, daha beter yağar yağmur, yağmur yağar, yer yaş olur, uçan kuşlar sarhoş olur" der. Bu hikaye, Münir Nurettin’in "Aziz İstanbul" plağında yer alan versiyonla ilişkilidir. Türkü, anonim bir halk türküsü olduğu için farklı hikayelerle de ilişkilendirilebilir.