Topkapı Sarayı'nda üç ana kütüphane bulunmaktadır: 1. III. Ahmed Kütüphanesi (Enderun Kütüphanesi): Saraydaki ilk büyük kütüphanedir ve Sultan III. Ahmed tarafından yaptırılmıştır. 2. Ağalar Camii (Saray Kütüphanesi): Günümüzde içine girilemeyen bir kütüphanedir. 3. Medine Kitaplığı: I. Dünya Savaşı sırasında Medine Muhafızı Fahreddin Türkkan Paşa tarafından gönderilen dini kitaplardan oluşan bir koleksiyona sahiptir.