Taşlıcalı Yahya, Şehzade Mustafa için şehzadenin öldürülmesine karşı duyduğu üzüntüyü ve öfkeyi dile getirmek için mersiye yazmıştır. Yahya Bey, Şehzade Mustafa’nın, sadrazam Damat Rüstem Paşa’nın etkili olduğu asılsız bir kurgu sonucu öldürüldüğünü düşünmektedir. Ayrıca, dönemin şairleri, Kanuni’nin hasekisi olan Hürrem Sultan'ın, kendi çocuklarından birini tahta geçirmek için Sadrazam Rüstem Paşa ile işbirliği yaparak bu idama zemin hazırladığına inanıyordu. Taşlıcalı Yahya'nın Şehzade Mustafa Mersiyesi, şehzadenin ölümünde rol oynadığı bilinen, himaye gördüğü eski dostu sadrazam Damat Rüstem Paşa ile takışmasına da yol açmıştır.