Şehzade Mustafa'nın annesinin ölüm nedeni hakkında bilgi bulunamadı. Ancak, Şehzade Mustafa'nın annesi Halime Sultan'ın, oğlu I. Mustafa'nın ilk saltanatı sona erdikten sonra sakin bir yaşam sürdüğü ve 1640-1648 yılları arasında, I. İbrahim (Deli İbrahim) döneminde öldüğü bilinmektedir. Halime Sultan, III. Mehmed'in hasekilerinden biri olup, Şehzade Mahmud ve I. Mustafa'nın annesidir.