UQ Holder! mangası, Touta Konoe isimli bir gencin ölümsüzlerden oluşan bir örgüte katılmasını ve ölümsüz yoldaşlarıyla birlikte yaşadığı maceraları anlatıyor. Hikaye, mahşerin kopmasından on yıl sonra dünyanın büyünün varlığını keşfetmesi ve bu durumun dünya üzerinde yarattığı büyük değişimlerin dışında kalan Touta'nın sıradan hayatını merkezine alıyor.