"No. 6" mangası, 2013 yılında geçen ve No. 6 adlı fütüristik bir şehirde yaşayan Shion'un hikayesini anlatır 34.

Shion, iki yaşından beri şehrin elit kesiminde yaşamaktadır 34. 12. doğum gecesinde, Nezumi adında bir kaçakla tanışır ve ona yardım eder 34. Bu olay, Shion ve annesinin elit statülerini kaybetmelerine yol açar 3.

Dört yıl sonra, Shion yanlış bir suçla suçlanır ve Nezumi tarafından kurtarılır 13. Birlikte, No. 6'nın gerçek yüzünü ortaya çıkarmaya karar verirler 13.

Mangada, Shion ve Nezumi arasındaki romantik ilişki de işlenir 13.