Ninja Kaplumbağalar: Mutant Kargaşası filmi, Kaplumbağa kardeşlerin New York'un yeni kahramanları olma maceralarını anlatıyor. Yıllarca insanların dünyasından kaçınan kardeşler, kahramanca davranışlarla New Yorkluların kalbini kazanmak ve normal gençler olarak kabul edilmek için adım atarlar. Ancak çok geçmeden üzerlerine bir mutant ordusu salındığında başlarından büyük bir işe kalkıştıklarını anlarlar.