Moğolistan'ın eski bayrakları, tarih boyunca çeşitli değişikliklere uğramıştır. Moğol İmparatorluğu döneminde Moğolların modern anlamda tek bir devlet bayrağı yoktu 1. Bunun yerine, XVII. yüzyılda yasa yapıcı keşiş Zanabazar tarafından yaratılan soyombo gibi sembollerle donatılmış sancaklar kullanılıyordu 1.

1924 yılında kabul edilen ilk Moğolistan bayrağı, bozkır manzarası, yurt ve hayvan figürleri ile Moğolların geleneksel göçebe yaşam tarzını simgeliyordu 1. 1940 yılında ise, Sovyet sembollerinin etkisi altında yeni bir bayrak kabul edildi; bu bayrakta komünist semboller — çekiç ve orak ile birlikte beş köşeli yıldız yer alıyordu 15.

1992 yılında kabul edilen modern Moğolistan bayrağı, eski ve yeni sembollerin unsurlarını bir araya getirir: bayrağın merkezinde, gökyüzünü ve sonsuzluğu simgeleyen mavi bir zemin üzerinde altın soyombo işareti bulunur 15.