Mihrimah Sultan Külliyesi'nde şu yapılar günümüze ulaşmıştır: 1. Medrese: 16 odadan oluşan ve günümüzde sağlık merkezi olarak kullanılan bir yapıdır. 2. Türbeler: Mihrimah Sultan'ın iki oğluna, Rüstem Paşa'nın oğlu Osman Ağa'ya ve Kaptan-ı Derya Sinan Paşa'ya ait türbeler. 3. Sıbyan Mektebi: Kubbeli bir sundurma ve dershaneden oluşan bir yapı. Dolayısıyla, külliyede sadece belirtilen kişilerin mezarları bulunmaktadır.