Mezemorta Hüseyin Paşa, hakkındaki şikâyetler nedeniyle 29 Rebîülâhir 1101 (9 Şubat 1690) tarihinde kaptan-ı deryâlıktan sürgün edildi. Sürgün edilme sebebi, tayin haberi Cezayir'e ulaşmadan önce Cezayir dayısı ve ocak halkı ile arasında çıkan anlaşmazlık yüzünden ailesini dahi alamadan gizlice İstanbul'a gitmesi olmuştur.