Massagetlerin kökeni hakkında iki ana teori bulunmaktadır: 1. İrani Teorisi: Massagetlerin kökenlerinin İrani dil konuşan topluluklara dayandığı düşünülmektedir. 2. Türki Teorisi: Massagetlerin Ön Türklerle ilişkili olduğu öne sürülmektedir. Ayrıca, Herodotos'un kayıtlarına göre, Massagetlerin Avrupa İskitleri ile aynı ırktan oldukları belirtilmektedir.