Markopaşa dergisi, yoğun muhalefet ve sert eleştiriler nedeniyle birkaç kez kapatılmıştır: 1. Paşa Kelimesi: Derginin ismindeki "Paşa" kelimesi, dönemin "milli lider" İsmet Paşa ile alay edildiği gerekçesiyle kapatılmasına yol açmıştır. 2. Davalar ve Toplatmalar: Yazarlarına karşı açılan davalar ve bazı sayılarının toplatılması, derginin sürekli olarak baskı altında kalmasına neden olmuştur. 3. Siyasi İçerik: Dergi, tek parti rejimine yönelik eleştirileri ve yıkıcı polemikleri nedeniyle iktidarın tepkisini çekmiş ve bu da kapatılmasına sebep olmuştur.