Balıklıgöl'ün hikayesi kısmen gerçek, kısmen efsaneye dayanmaktadır. Tarihsel ve bilimsel verilere göre, Balıklıgöl havuzları, yarı kadın yarı balık olan tanrıça Atargatis için yapılmış antik pagan tapınaklarıdır ve MÖ 1000-300 yılları arasında yapıldığı tahmin edilmektedir. İslam mitolojisine göre ise, Hz. İbrahim'in Nemrut tarafından ateşe atılmasının ardından ateş suya, odunlar da balığa dönüşür ve Hz. İbrahim bir gül bahçesinin içine sağ olarak düşer. Ancak, bu anlatıların Kur'an ve hadislerde yer almadığı ve 1900-1960 yılları arasında Urfa halkı tarafından Yahudi mitolojisinden İslam mitolojisine eklentiler yapılarak ortaya çıktığı kabul edilmektedir.