Manastır Türküsü'nün hikayesi şu şekildedir:

Mustafa Kemal Atatürk, Milli Mücadele yıllarında Ankara Tren Garı'ndaki direksiyon binasını karargah olarak kullanmıştır 14. Bu dönemde, üvey amcasının kızı Fikriye Hanım, Mustafa Kemal'in yanına gelmiş ve ona aşık olarak günlerce bakmıştır 14.

Fikriye Hanım, Mustafa Kemal'in yanında kaldığı süre boyunca ona türküler söylemiştir ve bu türkülerden biri de Manastır Türküsü'dür 14. Bir gün havuz başında bu türküyü söyleyince Mustafa Kemal çok duygulanmış ve etkilenmiştir 14.

Fikriye Hanım, Mustafa Kemal'in yanında yaşamış ve ölmüştür 14. Bu olay, Atatürk'ü derinden sarsmış ve türkünün hatırası onun için daha da anlamlı hale gelmiştir 1.