Kıptilerin kökeni, Mısır'ın eski halkına dayanır. Bazı köken teorileri: Helenistik kültür etkileşimi: İskender'in Mısır'ı alması ve İskenderiye şehrini kurmasıyla Helenistik bir kültürle etkileşime girmişlerdir. Nuh'un torunu Mısr: Bazı Arap soybilimcileri, "Kift/Kıpt" kelimesinin, Nuh'un torunu Mısr'ın en büyük oğlunun ismi olduğunu iddia etmiştir. Dini köken: Hristiyanlık, MS 42 yılında Evanjelist Markos tarafından Mısır'a getirilmiştir. Kendi inanışlarına göre, İsa'nın ilahi ve insani yanları birdir ve hiç ayrılmamıştır. Dilsel köken: Kıpti dili veya Kıptice, Mısırca’nın son gelişim evresidir. Kıpti alfabesi, büyük çoğunlukla Yunan harflerini içerir.