Konya Selçuklu Sarayı'nın yıkılmasının birkaç nedeni vardır: Terk Edilme: Saray, 17. yüzyıla kadar kullanıldıktan sonra terk edilmiştir. Yağma ve Tahribat: 1676 yılında, sarayın taşlarının bir kısmının satıldığı belgelenmiştir. Kasıtlı Tahribat: 1905-1908 yılları arasında Konya valiliği yapan M. Cevat Bey'in, sarayın bir kısmını yıktırdığı iddia edilmektedir. Ayrıca, sarayın tamamen yok olmasından, 1967'de Konya Köşkü adlı eserinde bahseden Şahabettin Uzluk, yıkımın bizzat Cevat Bey'in emriyle bile isteye yapıldığını belirtmektedir.