Kilimlerde genellikle doğal boyalar kullanılır. Bazı doğal boya kaynakları: Bitkiler: Papatya, safran, kekik, zerdeçal, tavşanak, soğan kabuğu, ayva yaprağı, çitlenbik, dil kanatan otu, palamut kozalağı, cevizli bağ, pıynar, hindiba, sütleğen, nar kabuğu, ceviz. Böcekler: Koşnil böceği (kırmızı tonlar). Mineraller: Genellikle siyah, kahverengi ve gri renklerin üretiminde kullanılır. Doğal boyalarla renklendirilen kilimler, sağlığa zararlı kimyasal maddeler içermez, zamanla solmaz ve çevre dostudur.