Kariye'nin hikayesi 6. yüzyıla kadar uzanır. Önemli dönemler: - 557 depremi: Kilise, büyük depremde yıkılmış ve tekrar inşa edilmiştir. - 1204: Dördüncü Haçlı Seferi sırasında kilise yağmalanmış ve büyük ölçüde tahrip olmuştur. - 13. yüzyıl: Bizans aristokratı ve devlet adamı Teodor Metokhites'in önderliğinde kilise onarılmış ve bugünkü muhteşem mozaik ve fresklerle süslenmiştir. - 1453: İstanbul'un fethi ile kilise camiye dönüştürülmüş ve Sultan II. Beyazıd döneminde minare ve medrese eklenmiştir. - 1945: Binadaki sıvaların kazınmasıyla mozaikler ve freskler ortaya çıkarılmış ve 1948 yılında müzeye dönüştürülmüştür. - 2020: Danıştay'ın iptal kararı sonucu Cumhurbaşkanı tarafından Diyanet İşleri Başkanlığı'na devredilmiş ve 6 Mayıs 2024 tarihinde ibadete açılmıştır.