Harezmşahlar, 1221 yılında Ürgenç'i Moğollara karşı savundular, ancak şehir Moğolların eline geçti. Moğollar, Ürgenç'te şu eylemleri gerçekleştirdiler: Katliam: Şehirdeki sivillerin bir kısmı öldürüldü, yaklaşık 100.000 kişi köleleştirildi. Yıkım: Ceyhun Nehri üzerindeki barajlar yıkılarak şehir sular altında bırakıldı ve şehrin büyük bir kısmı yok edildi. Yeniden Kuruluş: Moğollar, eski Ürgenç'in yıkımın ardından yakınlarda yeni bir şehir olan Ürgenč'i kurdular.