Gök Medrese'nin Selçuklu eseri olmasının sebebi, Anadolu Selçuklu Devleti döneminde, 1271 yılında Sahip Ata Fahrettin Ali tarafından Mimar Kaluyan'a (Kaluyan el-Konevi) yaptırılmış olmasıdır. Gök Medrese, açık avlulu, dört eyvanlı ve iki katlı planıyla Anadolu Selçuklu medrese plan geleneklerine uygun bir şekilde inşa edilmiştir. Gök Medrese, aynı zamanda Anadolu Selçuklu mimari ve sanatının en belirgin özelliklerini taşıyan eserlerden biridir.