Çifte Minareli Medrese'nin iki farklı efsanesi bulunmaktadır: 1. Savaş Efsanesi: Bu efsaneye göre, medreseyi Selçuklu Sultanı Alaaddin Keykubat kızı için yaptırmaya başlamış, ancak bir savaş için yola çıktıktan sonra şehit düşmüştür. 2. Usta ve Çırak Efsanesi: Medresenin inşasında çalışan bir usta ve çırağı arasında geçen bir olay anlatılır. Medresenin sağ yarısının çırak, sol yarısının ise usta tarafından yapıldığı düşünülmektedir.