Ciudad Perdida'nın terk edilmesinin nedeni, İspanyolların 16. yüzyılda Güney Amerika'ya gelişinden kısa bir süre sonra, yaklaşık 15. yüzyılda, İspanyol fethi sırasında yaşanan silahlı çatışmalar ve ticaret anlaşmazlıkları olarak kabul edilmektedir. Kogi halkının iddialarına göre, Tairona halkı, İspanyol konkistadorların gelişinden binlerce yıl boyunca Ciudad Perdida'da yaşamış, ancak 16. yüzyılda bölgeyi terk etmek zorunda kalmıştır. Ciudad Perdida'nın terk edilme nedeni tam olarak bilinmemektedir.