Çifte Minareli Medrese'nin içinde şu yapılar bulunmaktadır: 1. Cami: Medresenin ana salonu olup, öğrencilerin namaz kılmaları için kullanılır. 2. Kütüphane: Selçuklu dönemine ait birçok kitaba ev sahipliği yapar. 3. Derslik: Öğrencilerin derslerini dinledikleri yer. 4. Şadırvan: Avlunun ortasında yer alır ve suyun hayat verici gücünü sembolize eder. 5. Kümbet: Medresenin güneyindeki ana eyvanla birleşen, Anadolu'daki en büyük türbe unvanına sahiptir.