Çifte Minareli Medrese'nin iki farklı hikayesi bulunmaktadır: 1. Savaş nedeniyle yarım kalan yapım hikayesi: Bu hikayeye göre, medreseyi Selçuklu Sultanı Alaaddin Keykubat kızı için yaptırmaya başlamış, ancak sultanın bir savaş sırasında şehit olması üzerine mimarlar, ustalar ve kalfalar emeklerinin karşılığını alamayarak işlerini bırakıp gitmişler ve medrese yarım kalmıştır. 2. Usta ve çırak hikayesi: Bu hikayeye göre, medresenin yapımında çalışan bir usta ve çırağı arasında gurur kavgası yaşanmış; çırak, ustasından daha iyi iş çıkardığını düşününce usta kendini minareden atmış, bunu gören çırak da kendini takip etmiş ve bu olay üzerine işçiler işi bırakıp gitmişler. Medresenin bir kitabesi bulunmadığı için yapılış tarihine ilişkin net bir bilgi bulunmamaktadır. Çifte Minareli Medrese, Anadolu Selçuklu dönemi mimarisinin en önemli örneklerinden biridir.