Çifte Minareli Medrese'nin iki ana hikayesi bulunmaktadır: 1. Selçuklu Sultanı Alâeddin Keykubat'ın kızı efsanesi: Bu hikayeye göre, medrese Selçuklu Sultanı Alâeddin Keykubat'ın kızı için yaptırılmaya başlanmış, ancak sultanın bir savaş için yola çıkıp şehit düşmesi üzerine yapım yarım kalmıştır. 2. Usta ve çırak efsanesi: Bu hikayede ise, medresenin inşasında görev alan bir usta ve çırağının arasında geçen bir olay anlatılmaktadır.