Cibali Baba'nın hikayesi, İstanbul'un fethi sırasında yaşanan bir kıssaya dayanır. Bu kıssaya göre, Cibali Baba, Bizans tarafında bulunan ve keramet sahibi bir meczup velidir. Bu durumu fark eden Akşemseddin, kendi manevi mertebesinde Cibali Baba'ya yetiştiğine kanaat getirdikten sonra, Allah'a dua ederek onun bu engelleyici duasının sona ermesini sağlar. Bu hikaye, Risâle-i Nur'da da yer alır ve benzer faaliyetlerde bulunan kişilerin varlığına dikkat çekilir. Cibali Baba'nın gerçek bir kişi olup olmadığı ve hikayedeki olayların doğruluğu kesin olarak bilinmemektedir.