Cibali Baba'nın hikayesi, İstanbul'un fethi sırasında yaşanan bir kıssaya dayanır 12.

Bu kıssaya göre, Cibali Baba, Bizans tarafında bulunan ve keramet sahibi bir meczup velidir 2. İstanbul'un kuşatması sırasında, atılan top güllelerini "Aman gâvurcuklarıma bir şey olmasın" diyerek tutup tesirsiz hale getirir ve böylece şehrin düşmesini engeller 2.

Bu durumu fark eden Akşemseddin, kendi manevi mertebesinde Cibali Baba'ya yetiştiğine kanaat getirdikten sonra, Allah'a dua ederek onun bu engelleyici duasının sona ermesini sağlar 23. Bunun üzerine Cibali Baba'nın ruhu kabzolur ve fetih gerçekleşir 3.

Bu hikaye, Risâle-i Nur'da da yer alır ve benzer faaliyetlerde bulunan kişilerin varlığına dikkat çekilir 2.

Cibali Baba'nın gerçek bir kişi olup olmadığı ve hikayedeki olayların doğruluğu kesin olarak bilinmemektedir.