Malkoçoğlu Bali Bey'in nasıl öldüğüne dair farklı görüşler bulunmaktadır: Hastalık: Bazı kaynaklar, Bali Bey'in hastalık sonucu öldüğünü iddia etmektedir. Suikast veya zehirlenme: Şüpheli sebepler arasında suikast veya zehirlenme de yer almaktadır. Savaşta aldığı yara: Savaşta aldığı bir yara sonucu öldüğü de rivayet edilmektedir. İdam: Bazı kaynaklar, Bali Bey'in Kanuni Sultan Süleyman'ın emriyle idam edildiğini öne sürmektedir, ancak bu görüş tarihçiler arasında tartışmalıdır. Bali Bey'in ölüm tarihi olarak 1543 yılı kabul edilse de, ölüm sebebi konusunda kesin bir açıklama yapılamamaktadır.