Ayvalık'ın eski şehri, Antik Çağ'da Kidonia olarak anılan yerdir. Bugün, eski Kidonia olduğu düşünülen alanda ciddi bir arkeolojik çalışma olmamasına rağmen, antik döneme ait çanak çömlek parçalarına rastlanmaktadır. Kentin tarihî yerleşim merkezi, Ayvalık'ta yer alan İlkkurşun Tepesi eteklerine kaymış ve sonraki çağlardaki gelişim bu bölge merkezli olmuştur.