Aytunç Altındal'ın en iyi kitabının hangisi olduğuna dair kesin bir yanıt vermek mümkün değildir, çünkü bu, kişisel tercihlere bağlıdır. Ancak, en bilinen ve beğenilen bazı kitapları şunlardır: "Gül ve Haç Kardeşliği". "Vatikan ve Tapınak Şövalyeleri". "Tanrı Neden Fikir Değiştirdi?". "Bilinmeyen Hitler".