"Arı Kovanına Çomak Sokmak" kitabı, Prof. Dr. Ahmet Yaşar Ocak'ın hayatını, mesleki kariyerini, düşünce dünyasını ve tarihçilik anlayışını ele almaktadır. Kitap, dört bölümden oluşmaktadır: 1. İlk bölümde, Ocak'ın çocukluk ve okul yılları anlatılmaktadır. 2. İkinci bölümde, asistanlık ve hocalık yılları ele alınmaktadır. 3. Üçüncü bölümde, Türkiye'de tarih yazımı ve yayını konuları işlenmektedir. 4. Dördüncü bölümde, Ocak'ın çalıştığı ve işlediği konular, özellikle Türk-Osmanlı İslamı, Bektaşilik ve Alevilik konuları ele alınmaktadır. Ayrıca, kitabın son bölümünde, Ocak'ın okul arkadaşları, meslektaşları, öğrencileri ve okurları arasından seçilen 10 kişinin hocayla ilgili hislerini ve düşüncelerini paylaştığı bir bölüm bulunmaktadır.