Altay Türklerinin kökeni, Güney Sibirya’nın Altay ve Sayan Dağı bölgelerine dayanmaktadır. Altay Türklerinin kökeniyle ilgili farklı görüşler bulunmaktadır: Samoyed ve Ket kavimleri: Radloff ve Aristov, Kuzey Altay Türklerinin, Türkleşmiş Samoyed ve Ket kavimlerinin torunları olduklarını söylemiştir. Mongoloid ırk: Omeljan Pritsak, Güney Altaylıların mongoloid ırk içinde yer aldıklarını belirtmiştir. Kıpçak boyları: Potapov, Güney Altaylıların yakın tarihî atalarının, çok eski devirlerden beri Altaylarda yaşayan Türkçe konuşan Kıpçak boyları olduğunu öne sürmüştür. Çeşitli etnik toplulukların etkileşimi: Potapov, Altay Türklerinin etnik oluşumunda ve dillerinin gelişiminde Moğolların etkisine dikkat çekmiş ve Altay Türklerinin, Altay-Sayan yaylasının dağlık bölgelerinde çeşitli Türk, Ugor, Samoyed ve Ket etnik topluluklarının tarihî süreç içerisinde uzun süren etkileşimleri sonucu oluştuğunu belirtmiştir. Altay Türkleri, geçmişte Hun, Uygur, Kırgız, Kara Kıtay ve Naymanların hüküm sürdüğü bir bölgede yaşamışlardır.