Aliya İzzetbegoviç, farklı dönemlerde çeşitli nedenlerle hapse girmiştir: 1946 yılında, "Genç Müslümanlar" adlı İslamcı örgüt nedeniyle "din bilincinin uyandırılması" faaliyetleri sebebiyle 3 yıl hapis cezası almıştır. 1949 yılında, İslamcılık suçlamasıyla 5 yıl hapis cezası almıştır. 1983 yılında, "Doğu ve Batı Arasında İslam" adlı kitabının yayınlanmasından önce, "ifade suçu" ve "örgüt kurarak düşmanca faaliyette bulunma" gerekçesiyle 14 yıl hapis cezasına çarptırılmıştır. 1988 yılında, çıkarılan bir afla serbest bırakılmıştır.