Agâh Efendi, fikirlerinden dolayı birkaç kez sürgün edilmiştir:
- 1877 yılında, Sultan II. Abdülhamit'in emriyle Bursa'ya ve ardından Ankara'ya sürgün edilmiştir .
- 1884 yılında, affedilerek Rodos Mutasarrıflığı'na tayin edilmiş, ancak daha sonra Midilli Mutasarrıflığı'na gönderilmiştir .
Agâh Efendi, Yeni Osmanlılar Cemiyeti'ne katılması ve Avrupa'ya kaçarak muhalif gazetelerde çalışması nedeniyle bu sürgünleri yaşamıştır .