Ziya Gökalp, iktidara karşı gizli faaliyetlerde bulunduğu ve rejim aleyhindeki çalışmaları nedeniyle hapse girmiştir .
İlk olarak 1898 yılında tutuklanmış ve bir yıl hapis yatmıştır . Daha sonra, 1900 yılında padişah ve rejim aleyhinde bir mektubunun ele geçirilmesi sonucu tekrar 9 ay hapis cezasına çarptırılmıştır .