Zekeriya Öz, görev yaptığı dönemde birçok önemli davaya bakmıştır. Öne çıkan davalar şunlardır: Ergenekon Davası: 2007 yılında başlayan ve 4 yıl boyunca yönettiği Ergenekon soruşturması. Balyoz Davası: 2008 yılında başlayan ve hükümete karşı darbe planlamakla suçlanan askerlerin yargılandığı dava. ODA TV Davası: 2013 yılında başlayan ve gazeteciler ile sivil toplum kuruluşu üyelerinin yargılandığı dava. 17 Aralık Operasyonu: 2013 yılında başlayan ve yolsuzluk ve rüşvet iddialarını içeren soruşturma. 2015 yılında meslekten ihraç edilen Öz, hakkında açılan davalar nedeniyle firari olarak aranmaktadır.