Zekeriya Öz, kariyeri boyunca çeşitli davalara bakmıştır, bunlar arasında öne çıkanlar şunlardır: 1. Ergenekon Davası: 12 Haziran 2007'de Ümraniye'de bir gecekonduda bulunan 27 el bombasıyla başlayan bu soruşturmanın başsavcılarından biriydi. 2. Balyoz Davası: 2008'de başlayan ve hükümete karşı darbe planlamakla suçlanan birçok asker, yazar ve akademisyenin yargılandığı dava. 3. OdaTV Davası: Öz, bu davada da görev almıştır. 4. 17 Aralık ve 25 Aralık Operasyonları: Hükümet aleyhine yürütülen bu operasyonlarda da adı geçmiştir. Öz, ayrıca El-Kaide üyesi Lui Sakka hakkında müebbet hapis istemiyle dava açmış ve El-Kaide'nin Türkiye yapılanmasının üst düzey yöneticilerini tespit etmiştir.