Türkiye'deki bakanlıklar, Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemi çerçevesinde doğrudan Cumhurbaşkanına bağlıdır. Ancak bazı bakanlıklar, belirli konularda ilgili veya bağlı kuruluşlarla da ilişkilidir. Örneğin, Çevre ve Şehircilik Bakanlığı, Çevre ve Şehircilik Bakanlığı’na bağlı araştırma kurumlarıyla işbirliği yapar. Bazı bakanlıklar ve bağlı oldukları kuruluşlar: Adalet Bakanlığı: Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu gibi üst kuruluşlarla işbirliği yapar. Sağlık Bakanlığı: Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu ile ilişkilidir. İçişleri Bakanlığı: Yerel yönetimler ile güvenlik ve asayişle ilgili projelerde işbirliği yapar.