SWAT 2 oyunu, 30 senaryolu bir gerçek zamanlı strateji oyunu olarak anlatılır. Oyunun hikayesi iki ana kısma ayrılır: 1. SWAT Tarafı: Oyuncu, Los Angeles'taki SWAT ekibinin bir üyesi olarak oynar ve çeşitli görevlerde (riot kontrolü, sniper operasyonları vb.) yer alır. 2. Terörist Tarafı: Oyuncu, Five Eyes adlı kurgusal bir Amerikan terörist örgütünü kontrol eder ve SWAT ekibine karşı görevler üstlenir. Ayrıca, çok oyunculu mod ve harita düzenleme aracı da mevcuttur.