Mustafa Balbay, Ergenekon davası kapsamında İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 34 yıl 8 ay hapis cezasına çarptırılmıştır. Ancak, Anayasa Mahkemesi'nin kararı ile Balbay'ın hakları ihlal edildiği için tahliye edilmiş ve 1 Temmuz 2019'da hakkındaki tüm suçlamalardan aklanmıştır.