Mustafa Balbay, Ergenekon soruşturması kapsamında hükümeti düşürmeye teşebbüs suçlamasıyla 6 Mart 2009 tarihinde gözaltına alınıp tutuklandığı için hapiste yattı. Balbay, 5 Ağustos 2013 tarihinde İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 34 yıl 8 ay hapis cezasına çarptırıldı, ancak 9 Aralık 2013 tarihinde Anayasa Mahkemesi'nin "hak ihlali" kararıyla tahliye edildi.