Muhammed Mursi, ilk kez 28 Ocak 2011 tarihinde, Müslüman Kardeşler’in Mübarek karşıtı gösterilere katılacağını açıklamasının ardından hapse girdi .
Mursi, daha sonra 2010 seçimlerinde Müslüman Kardeşler'in sözcüsü ve yönetim kurulu üyesi olduğu için reformist yargıçları desteklediği iddiasıyla 7 ay hapis yattı .
Ayrıca, 2012 yılında "Mısır'da istikrarı bozmak için yabancı terör örgütleriyle komplo kurmak" suçlamasıyla yargılandığı "Hapishaneler baskını" davasında idama mahkum edildi . Ancak bir buçuk yıl sonra Yüksek Mahkeme kararı bozarak Mursi’nin yeniden yargılanmasına karar verdi .
Mursi, 3 Temmuz 2013'te dönemin Savunma Bakanı ve ardından Cumhurbaşkanı olan Abdulfettah es-Sisi tarafından gerçekleştirilen askeri darbeyle görevinden uzaklaştırıldıktan sonra da birçok davada yargılanarak hapse mahkum edildi .