Milli Emlak vergi borcu, ilgili taşınmazın bulunduğu ilçe belediyesine ödenir. Ayrıca, belediyelerin sunduğu online ödeme sistemleri üzerinden veya e-Devlet aracılığıyla da ödeme yapılabilir. Ödeme yaparken, açıklama kısmına "emlak vergisi", T.C. kimlik numarası, isim-soy isim ve taşınmaz adresi yazılmalıdır.